Nombre d'Instituts français de recherche mettent en œuvre des missions archéologiques, explorant tous les continents, de la Préhistoire à l'Antiquité tardive. Certains instituts ont une compétence purement archéologique, d'autres ont un département d'archéologie souvent important. Les principaux programmes et les grandes missions de fouilles de chaque institut sont présentés ci-dessous, par grande zone géographique : Proche et Moyen-Orient, Afrique, Amérique centrale et latine.
Proche et Moyen-Orient
Après une longue interruption liée à la guerre, la Délégation archéologique française en Afghanistan a rouvert ses portes en 2002. Elle conduit des fouilles archéologiques dans le cadre de programmes de sauvetage liés au pillage intensif des sites, et poursuit son action de longue haleine d'inventaire des sites archéologiques. Les fouilles concernent aujourd'hui la Bactriane, les régions d'Hérat, de Kaboul, de Wardak et de Jâji Piyâda, le site de Bamiyan, le delta du Balkhâb... Un accent particulier est mis sur l'archéologie urbaine et l'étude du bâti. De nombreuses fouilles menées par les équipes de la DAFA ont été publiées dans les Mémoires de la Dafa, 33 volumes parus entre 1928 et 1992. Pour en savoir plus.
L'Institut français d'études anatoliennes a été fondé en raison du développement des recherches archéologiques en Anatolie, avec la fondation de l'Institut Français d'Archéologie à Stanbul ( IFAS) en 1930 à l'instar de l'antenne istanbuliote de l'Institut Archéologique Allemand (DAI) fondée en 1929. Il fallait à ce moment avant tout tenir compte du nouveau paysage politique et ainsi mettre en place des structures propres en Turquie, indépendantes des instituts situés en Grèce, le DAI Athènes pour les Allemands, l'École française d'Athènes pour les Français ainsi que de l'École française du Caire. L'Institut Français d'Archéologie à Stanbul (Ifas) deviendra plus tard l'Ifea, pour tenir compte des champs de recherches élargies conduits en son sein. 
Les sciences de la terre telles la géologie et la géomorphologie, ont été mises à contribution, la géographie, la pré- et protohistoire, l'archéologie classique, médiévale / byzantine, moderne et contemporaine, avec toutes les ramifications disciplinaires, comme l'épigraphie, la numismatique, etc. font partie des domaines de recherches à l'Ifea. Les recherches sur le terrain sont couplées à des recherches en laboratoires et centre de documentations et trouvent leur expression dans des publications, souvent réalisées par l'Ifea, ainsi que dans des tables rondes et colloques organisés au sein de l'Ifea, dont les Rencontres d'archéologie de l'Ifea (première édition le 11 novembre 2010). Des recherches ont ainsi été menées à Claros, à Horum Höyük, dans la région de Kastamonu, à Sinope, dans la région de Van, à Yazılıkaya, à Zeugma. Elles se poursuivent en Carie, à İzmir, à Kömürcü-Kaletepe, au Létôon, en Pisidie, à Porsuk-Zeyve Höyük, à Tilbeshar, à Xanthos. Pour en savoir plus.
L'Institut français du Proche-Orient développe une importante activité archéologique dans les trois pays - Jordanie, Liban et Syrie - qui constituent son aire d'intervention - avant que celle-ci ne s'étende depuis le printemps 2010 vers l'Irak (fouilles d'Erbil). Son département Archéologie et histoire de l'Antiquité a hérité des activités de l'Institut français d'archéologie du Proche-Orient (Ifapo, 1977-2003), lui-même émanation de l'Institut français d'archéologie de Beyrouth (1946-1977). L' IFPO est présent comme direction, partenaire ou soutien logistique, sur de multiples terrains de fouille : Azraq-Ayn Sawda, Darih, Dosak, Jerash, Petra, Wadi Kufrein en Jordanie ; Arqua, Cyrrhus et Tyr au Liban ; et en Syrie : Apamée, Chagar Bazar, Djaadé, Doura-Europos, Jebal Balas, Mari, Huarté-Palmyre, Nahr al-Kebir al-Shamali, Syrie du Nord-El Bara, Qarassa, Qasr al-khayr al-Sharqi, Qinnasrin, Ras al-Bassit, Ras Shamrit Ougarit, Saint-Siméon, Si'a, Tell Ashara Terqa, Tell Aswad, Tell Feras al-Sharqi, Telle Hariri, Tell Massin, Tell Nasriye, Tell Mohammed Diyab, Tell Rawda, Tulul al-Faar, Umm el-Tlel, Zenobia-Halabiyé... L'Ifpo mène aussi des programmes de longue haleine, comme les Inscriptions grecques et latines de la Syrie (IGLS) qui a donné matière à de nombreuses publications qui couvrent une bonne partie du Proche-Orient. Certains programmes concernent la période médiévale (corpus des inscriptions arabes des portes et de l'enceinte de Damas, Château de Saladin). Pour en savoir plus.
Le Centre de recherche français à Jérusalem, après avoir pendant longtemps été exclusivement dédié aux fouilles archéologiques, a depuis diversifié les recherches archéologiques qu'il conduit. Elles concernent désormais, outre la préhistoire – domaine traditionnel et encore actif – les époques plus récentes : âges du Bronze et du Fer, Antiquité classique, époques byzantine et croisée. 
Les programmes et les campagnes de fouilles s'intègrent dans plusieurs axes : Des chasseurs-cueilleurs aux premiers agriculteurs-éleveurs au Levant sud (sur les processus de sédentarisation et de néolithisation) ; le premier cycle d'urbanisation, puis d'effondrement des structures urbaines, à l'époque du Bronze ancien ; les productions et échanges au Proche-Orient et dans le bassin oriental de la Méditerranée (émergence de la route de l'encens entre l'Arabie et la Méditerrranée à la fin du IIe et au cours du Ier millénaire avant notre ère) ; le dialogue culturel et politique entre l'Orient musulman et l'Occident médiéval à l'époque du royaume latin de Jérusalem (architecture militaire au Levant médiéval : un dialogue stratégique entre Orient et Occident & Réseaux commerciaux et production d'objets en fer dans le Levant Sud : étude diachronique des interactions Orient/Occident) ; les trajectoires évolutives des techniques au Levant sud (innovation, diffusion, évolution,disparition ; réseaux commerciaux et production d'objets en fer dans le Levant Sud (étude diachronique des interactions Orient/Occident). Pour en savoir plus.
Le Centre français d'archéologie et de sciences sociales de Sanaa mène, dans le cadre de son programme "Archéologie et anthropologie des sociétés sud-arabiques, de la préhistoire aux États islamiques", plusieurs missions : Mission archéologique et épigraphique dans l'antique royaume de Qatabân (site de Tamna', capitale du royaume, implanté dans les Basses-Terres du Yémen (gouvernorat de Shabwa), en bordure du désert intérieur, sur le tracé de l'ancienne piste caravanière de l'encens ; site de Hasī, sur les Hautes-Terres (gouv. d'al-Baydā'), qui fut le centre d'une des tribus dominantes du début de l'ère chrétienne, Madhā, et devint, à la veille de l'Islam l'un des grands centres provinciaux du royaume d'Himyar (1er s. av.-6e s. ap. J. C.)), Projet Qalhât (fouille du site portuaire médiéval de Qalhât, Sultanat d'Oman), Mission archéologique française d'Adam (l'oasis d'Adam se situe aux portes du grand désert du Rub al-Khali ; articulation de 8000 ans de successions des cultures ; en particulier le Bronze Ancien), Mission paléo-biologique et paléo-anthropologique en Tihama, Yémen (projet PALEO-Y, centré sur la région d'escarpement à l'interface entre la Tihama orientale et les plateaux intérieurs), Mission Jawf-Hadramawt, Mission Najrân, Mission archéologique Mada'in Salih. Pour en savoir plus.
Afrique
La Section française de la Direction des Antiquités au Soudan a notamment participé aux opérations de sauvetage de la Campagne de Nubie, avant la mise en eau du lac du barrage d'Assouan, avant de recenser systématiquement les sites de la vallée du Nil au Sud de ce lac. Elle a par ailleurs effectué plusieurs fouilles programmées, notamment sur les sites de Missiminia, Kadada, Kadrouka et el-Hobadgi. Les fouilles se concentrent aujourd'hui sur le site urbain méroïtique d'al-Hassa, avec le dégagement du temple d'Amon. La SFDAS édite la revue du Service des Antiquités soudanais, Kush. Pour en savoir plus.
Une part importante des programmes du Centre français des études éthiopiennes concerne l'archéologie. 
Citons en particulier le programme Archéologie préhistorique dans la région des lacs d'Éthiopie (Zway, Langano, Abijata) : contribution à l'établissement de la séquence Late Stone Age d'Afrique orientale. Cette période comprise entre environ 20 000 à 3000 B.P. revêt une grande importance : lors de sa phase ancienne, les dernières populations de chasseurscueilleurs nomades sont les acteurs d'importantes transformations technologiques vis-à-vis de leurs prédécesseurs du Middle Stone Age (MSA), transformations qui accompagneront ensuite, aux environs de 5000 B.P., une évolution socio-économique au travers de l'adoption de l'agriculture et de l'élevage (Néolithique). Un deuxième champ d'investigation est la Mission paléoanthropologique dans l'Omo : en juillet 2010, une série de nouveaux sites paléontologiques a été découverte dans la formation de Shungura. Ces sites sont datés entre 1,4 millions d'années (Ma) et 1 Ma, une période particulièrement méconnue de l'évolution du continent africain. Vierges de toutes recherches précédentes, ils ont livré des centaines de fossiles, incluant des restes crânio-dentaires et postcrâniens d'hominidés se rapprochant d'Homo erectus. Enfin, le projet Labilala se poursuit : la mission archéologique de mai 2010 avait pour principal objectif d'entreprendre les premières fouilles jamais réalisées sur cet ensemble d'églises rupestres classé au patrimoine mondial depuis 1978. Pour en savoir plus.
Amérique centrale et latine
Sur un autre continent, l'Institut français d'études andines collabore étroitement aux projets archéologiques français menés dans les Andes, qui tentent de reconstituer l’histoire des cultures préhispaniques à partir des témoignages matériels qu’elles nous ont légués. L'appui aux équipes financées par la Commission des fouilles et le CNRS se traduit généralement par la mise à disposition de locaux et en particulier du laboratoire, de véhicules tout terrain et la publication des résultats des recherches dans le Bulletin de l'Ifea ou sous forme de livres spécialisés (Travaux de l'Ifea et Actes et Mémoires). L'Ifea a vocation à constituer un pôle d'excellence de l'archéologie andine. Il constitue déjà un centre de documentation hors pair, un lieu de rencontre interdisciplinaire ainsi qu'un laboratoire pour les analyses d'après terrain des équipes françaises et internationales. L'Ifea apporte actuellement son concours à plusieurs projets archéologiques de la Commission des Fouilles : Projet Pérou Sud (modalités d'adaptation des groupes de pêcheurs-collecteurs de la période archaïque au littoral désertique du sud péruvien, dans la région de Tacna) ; Projet « Plataforme Uhle » du Programme International Moche (coutumes funéraires et de l'architecture publique Mochica) ; Projet Manabí (culture Manteña et les établissements en monticules de la côte centrale équatorienne) ; Projet Choqek'iraw (histoire préhispanique tardive de la vallée moyenne de l'Apurimac et articulation entre les territoires Chanka, Kichua et Inka). Pour en savoir plus.
Les recherches archéologiques françaises menées au Mexique et en Amérique Centrale depuis une quarantaine d'années sont réalisées en étroite collaboration avec le Centre d'études mexicaines et centraméricaines. Le CEMCA est l'interlocuteur officiel auprès des instances compétentes, principalement auprès de l'INAH (Instituto Nacional de Antropología e Historia), auquel il soumet les programmes de recherches présentés par les équipes françaises d'archéologues, dépendants de l' UMR 80-96 "Archéologie des Amériques". Par ailleurs, le Cemca constitue une plate-forme technique indispensable à la bonne réalisation des chantiers de fouille et à la gestion de la documentation archéologique : location de véhicules tous terrains, locaux permettant de stocker l'ensemble du matériel technique et du matériel archéologique, laboratoires destinés à l'analyse des collections, laboratoire photographique... Certains numéros de la revue du Cemca, Trace ont ainsi été entièrement consacrés à la diffusion de résultats archéologiques. (Voir sur le site du Cemca l'axe de recherche II).
L'antenne du Cemca localisée au Mexique a appuyé le bon déroulement de nombreux projets archéologiques mis en place dans deux grandes aires culturelles : la région maya (Balamku, Xcalumkín, Rio Bec) et l'ouest mésoaméricain (Bajaras, Chupícuaro, Uacusecha). Les principales thématiques qui y sont étudiées portent sur les systèmes d'implantation des sociétés étudiées en relation avec les caractéristiques environnementales, l'étude de leur organisation sociopolitique et des systèmes techniques et économiques, mais aussi la compréhension de leurs pratiques funéraires et des rituels en général. Ces orientations scientifiques permettent d'aborder de façon complète les sociétés établies dans ces régions à l'époque préhispanique.
En ce qui concerne le Guatemala, pays situé au cœur du monde maya, une mission archéologique franco-guatémaltèque a vu le jour dès les années 1950, et une antenne régionale du Cemca a été ouverte dans la ville de Guatemala en 1987. Depuis, le Cemca a appuyé des projets archéologiques dans les trois grandes aires culturelles précolombiennes du territoire guatémaltèque : la côte Pacifique, les Hautes Terres et les Basses Terres (occupées dans leur plus grande partie par le département du Petén). En 2010, le Cemca a collaboré avec les campagnes réalisées à Naachtún et à La Joyanca, deux cités mayas du Petén qui ont connu leur apogée lors de la période classique (250-900 après J.-C.). Ces projets bénéficient de l'appui de la Commission des recherches archéologiques à l'étranger du Ministère des Affaires Étrangères et Européennes ; le projet Naachtún doit se poursuivre jusqu'en 2014. Mais les travaux archéologiques entrepris en Amérique Centrale avec le concours du Cemca ne se limitent pas au Guatemala. Depuis 2004, une mission soutenue par cet IFRE travaille sur la définition des cultures préhispaniques qui ont fleuri au Salvador, aux confins sud-est de la Mésoamérique ; cette mission franco-salvadorienne consacre des efforts particuliers à l'étude de l'art rupestre, un aspect notable du patrimoine précolombien du pays.