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Le réseau des instituts trouve aussi sa légitimité dans les coopérations et les partenariats créés et définis tant avec les institutions des pays d’accueil qu’avec les structures françaises de recherche en sciences sociales. Dans la majorité des cas, chercheurs et doctorants sont insérés dans des laboratoires ou des équipes locales qui facilitent l’accès au terrain et sont souvent associés aux conclusions des travaux. Les institutions françaises liées à la recherche en sciences sociales constituent le socle de l’existence et du développement du réseau et le CNRS est, logiquement, le premier de ces partenaires comme l’a montré la création des UMIFRE (unités mixtes des instituts français de recherche à l’étranger). Les liens existent également, selon les implantations, avec l’ IRD (Institut de recherche pour le développement), l’ensemble des MSH (Maisons des sciences de l’homme), l’EPHE (École pratique des hautes études), l’ EHESS (École des hautes études en sciences sociales) et nombre d’universités françaises à la politique internationale active.

